Les agents de clarification jouent un rôle d'intermédiaire, permettant la miscibilité entre l'alcool utilisé lors de la déshydratation et la paraffine d'inclusion, ou entre l'alcool et le gel/résine de montage. Pour remplir cette fonction, ces agents doivent être solubles à la fois dans le milieu de déshydratation et dans le milieu d'infiltration utilisés lors du processus.
Lorsque l'échantillon tissulaire est correctement déshydraté et clarifié, il devient transparent, une caractéristique essentielle qui le rend approprié pour l'analyse microscopique de la lame lors de l'observation au microscope.